ImagImm – CIML

Members

Hugues LELOUARD

Research Director

About

Imaging Immunity

The platform ImagImm – Imaging Immunity, dirigée jusqu’en 2025 par Didier Marguet (éméritat), a été créée en 2007 par la fusion des plateformes de microscopie du CIML et d’IM2V (Interactions Moléculaires en Milieu Vivant).
Elle met à disposition de ses utilisateurs des ressources de microscopie optique de pointe, permettant de décrypter les mécanismes du système immunitaire, de l’échelle moléculaire jusqu’aux organismes entiers.
Scientifically led by Hugues Lelouard, la plateforme s’appuie sur les compétences de trois ingénieurs : Mathieu Fallet (responsable technique), Marie-Claire Blache (analyse d’images) et Carole Siret (microscope à feuille de lumière).

Missions
The ImagImm platform aims to:

Maintain and develop a state-of-the-art microscope fleet
Ensure the maintenance and quality monitoring of instruments in conjunction with the manufacturers' after-sales service
Train users through theoretical and practical teaching
Provide scientific and technical assistance for image acquisition and analysis
Develop biophotonics research and development activities adapted to CIML's biological applications

Reconnue au niveau national, ImagImm est labellisée Infrastructure in Biology, Health and Agronomy (IBISA) and is a partner of the network France-BioImagingThe platform is also a member of the consortium PICsL (Common Imaging Platform of the Luminy Site), créé en 2002 par le CIML et l’IBDML (Institut de Biologie du Développement de Marseille-Luminy) aujourd’hui élargi aux plateformes d’imagerie de l’INMED (L’Institut de Neurobiologie de la Méditerranée) et de l’IMM (L’Institut de Microbiologie de la Méditerranée). Enfin, ImagImm collabore étroitement avec la plateforme de multi-ingénieries de Centuri en s’appuyant sur son expertise en mécatronique et en analyse d’images.

Training

La plateforme Imagimm assure des formations à la microscopie et à l’analyse d’images, aussi bien au sein du CIML qu’en dehors :

Courses and practical work integrated into the Master of Immunology (Faculty of Sciences of Luminy) and at thePolytech engineering school ;
Contribution to thedoctoral school through a module dedicated to image analysis;
Regular participation in the workshops of theCNRS MifoBio thematic microscopy school
Organisation d’une formation INSERM on spectral confocal imaging;
Actions de diffusion scientifique auprès du grand public : participation à la Science Festival, welcoming middle school students for their 3rd year internship.

Open Science

In the interests of transparency, accessibility and reproducibility of analyses (principle FAIR), ImagImm met à disposition les codes d’analyse qu’elle a développés. Vous pouvez trouver ci-dessous les logiciels développés au CIML et à travers nos collaborations avec l’institut Fresnel :

QCM: real-time quantitative quality control of single-molecule localization microscopy data
Mailfert S, Biophysical Journal, Vol 124, Issue 7, April 2025

A Shiny application to analyze tissue section images (Saphir)
Germani E, F1000R, 2021/4/8

UNsupervised particle LOCalization (UNLOC)
Mailfert, Biophys J, 2018, DOI:10.1016/j.bpj.2018.06.02

Methods for Automated and Accurate Analysis of Cell Signals (MAAACS)
Salles A, Billaudeau C, et al, PLoS Comput Biol, 2013

Multiple Target Tracing (MTT)
Serge, A. et al., Nat Methods, 2008, 687-94, 5

Image analysis

Imagimm met à disposition de ses utilisateurs deux stations d’analyse d’images équipées des logiciels ImageJ, QuPath, Matlab And Imaris.
Elle développe en étroite collaboration avec les chercheurs des programmes d’analyse en R And Python, ainsi que des scripts Groovy pour QuPath et des macros pour ImageJ.
Ces outils permettent de répondre à un large éventail d’applications pour la quantification d’images 2D ou 3D, statiques ou dynamiques, sur des cellules en culture, des coupes de tissus ou des organes (ganglions, plaques de Peyer, rate) et organismes entiers (embryons de souris, ver C. elegans).
Actuellement, la plateforme mène des travaux sur la segmentation et l’analyse des interactions cellulaires en 3D, en collaboration étroite avec Thomas Boudier (Centrale Méditerranée).

Imagimm-CIML · GitHub

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