Plateforme: Génomique

À propos

Créée en 2019, la plateforme de génomique du CIML met à disposition des chercheurs et personnels scientifiques de l’institut des technologies de pointe en transcriptomique et en génomique, ainsi qu’une expertise dédiée pour accompagner leurs projets. La plateforme est composée du responsable scientifique Pierre Milpied (Directeur de Recherche Inserm) et Laurine Gil (Ingénieure d’Etude CNRS).  

En 2024, la plateforme a obtenu le label de qualité « Plateforme Aix-Marseille » pour une durée de trois ans, délivré par Aix Marseille Université, l’Inserm et le CNRS.

Les missions de la plateforme de Génomique du CIML sont :

• Fournir et entretenir les équipements nécessaires : la plateforme de génomique assure un soutien matériel et technologique en mettant à disposition différents équipements.
• Former les utilisateurs : la plateforme propose des formations aux utilisateurs, leur permettant de maîtriser les techniques nécessaires à leurs projets scientifiques.
• Soutenir les expériences : la plateforme offre un soutien expérimental pour assister les utilisateurs lors de manipulations complexes, garantissant ainsi la qualité et la précision des expériences.
• Développer de nouvelles méthodes : une veille technologique continue permet de proposer les innovations les plus récentes et mettre à disposition des protocoles basés sur les technologies bulk RNA-seq ou single-cell RNA-seq.
• Aider au design expérimental : la plateforme aide les utilisateurs à définir au mieux leur design expérimental, en étroite collaboration avec la plateforme CB2M (Computational Biology, Biostatistics and Modeling) du CIML .
• Réaliser des projets : la plateforme propose de prendre entièrement en charge certaines expériences de génomique pour répondre aux besoins spécifiques des projets de recherche (préparation de librairies, séquençage).

Nos Services

La plateforme de génomique accompagne les utilisateurs tout au long de leurs projets, depuis la conception expérimentale jusqu’à l’acquisition des données de séquençage, en garantissant rigueur scientifique et qualité technique. Cet accompagnement se décline à travers différents services :

• Conception expérimentale : la plateforme apporte des conseils et un accompagnement dans la définition du design expérimental, en coordination étroite avec l’ensemble des autres plateformes du CIML impliquées.
• Formation et support expérimental : la plateforme assiste les utilisateurs dans la réalisation d’expérimentations complexes, garantissant la fiabilité et la reproductibilité des expériences.
• Accès aux équipements de génomique : la plateforme met à disposition une large gamme d’instruments (thermocycleurs, appareils qPCR, Agilent TapeStation, Chromium X).
• Préparation de librairies single-cell RNA-seq : la plateforme prend en charge la préparation de librairies single-cell RNA-seq à la demande des porteurs de projets.
• Séquençage haut débit : la plateforme assure le séquençage des librairies sur le séquenceur Illumina NextSeq 2000.

Nos Technologies

Nous disposons d’une expertise avancée et des équipements nécessaires pour réaliser des analyses multi-omiques sur cellules uniques après capture en goutelettes (technologie 10x Genomics) : single-cell RNA-seq, CITE-seq, single-cell BCR-seq, single-cell TCR-seq.

Nous sommes aussi experts de la technologie d’analyse multi-omique sur cellules uniques FB5P-seq (FACS-based 5′-end sequencing), développée au CIML, et permettant l’analyse intégrative (phénotype, transcriptome, répertoire BCR ou TCR) de cellules rares triées par FACS.

Nous mettons à disposition le matériel nécessaire à la préparation et au contrôle qualité de librairies de séquençage pour tout type de protocole, et nous réalisons le séquençage des librairies compatibles sur notre séquenceur à haut-débit Illumina NextSeq2000.

Nous disposons d’un parc de 4 équipements de PCR quantitative en temps réel, compatibles avec les formats 96-puits ou 384-puits.

Formation

La plateforme de génomique dispense des actions de formation à deux niveaux :

• Au sein du CIML, en assurant la formation du personnel aux techniques liées à la préparation de librairies de single-cell RNAseq.
• À l’échelle nationale, avec la formation Inserm « Analyses en RNAseq sur cellules uniques (single-cell RNAseq) », organisée une à deux fois par an en collaboration avec la plateforme CB2M du CIML.