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À propos

La plateforme de cytométrie : expertise et fiabilité au service de la recherche

La plateforme de cytométrie a pour vocation de soutenir les chercheurs dans la mise en place d’expériences robustes et reproductibles. Elle constitue un espace de référence où savoir-faire technique et accompagnement scientifique se conjuguent pour garantir la qualité et la fiabilité des données.

Fondé en 1976 à la création du Centre d’Immunologie, le Service de Cytométrie fonctionne avec deux ingénieurs, Sylvain Bigot (responsable de service) et Laurence Borge. La responsabilité scientifique est assurée par Cyrille Mionnet. Le service est assisté d’un comité de pilotage, formé d’utilisateurs avancés, qui se réunit chaque mois.

Nos services s’articulent autour de quatre axes :

Développement de workflows de traitement et de préparation des données, intégrant contrôle qualité, compensation et normalisation, pour des analyses fiables quel que soit l’environnement logiciel.

Conception et optimisation de panels multiparamétriques, afin de produire des données exploitables dans des analyses conventionnelles comme multidimensionnelles.

Mise à disposition de protocoles validés, couvrant les étapes essentielles de la préparation des échantillons, du titrage des anticorps ou encore de l’étude de processus cellulaires clés tels que l’apoptose et le cycle cellulaire.

Standardisation et suivi des instruments, assurant la stabilité et la comparabilité des acquisitions dans le temps.

Les missions principales du service sont les suivantes :

  • Tri cellulaire en conditions biologiques de tout type de cellules dans n’importe quel support: tube de 1,5ml à 15 ml ou plaques multi puits (96 ou 384 puits). Les tris sont effectués dans des conditions optimisant la viabilité cellulaire.
  • Contrôle de qualité et maintenance des instruments.
  • Formation des utilisateurs: les utilisateurs sont formés pour devenir autonomes sur l’ensemble des analyseurs du service. La formation se compose de deux modules, un module théorique et un module pratique sur un analyseur. L’utilisateur débutant est ensuite assisté au démarrage de ses propres expériences.
  • Conseil et assistance pour les expériences de cytométrie, l’analyse de données et le tri cellulaire.
  • Evaluation des nouvelles technologies d’analyse et tri cellulaire permettant de maintenir au meilleur niveau la cytométrie dans le service.
  • Développement et optimisation des analyseurs et des trieurs : modification des instruments pour une détection optimale des sondes et protéines fluorescentes.

Le service dispose d’un agenda de réservation en ligne et d’un réseau de serveurs pour le stockage sécurisé des données.

Formation

Au-delà de ces services, la plateforme place la formation et l’accompagnement des utilisateurs au cœur de sa mission. Elle veille à transmettre et à faire appliquer les bonnes pratiques, garantissant ainsi rigueur méthodologique et reproductibilité des résultats. Des formations adaptée aux besoins et au niveau de cytométrie de chaque utilisateur sont proposées par la plateforme : Cytométrie conventionnelle multiparamétrique, cytométrie spectrale, tri cellulaire.

Open Science

Par cette approche, la plateforme contribue directement à l’excellence scientifique des projets de recherche et au renforcement de la qualité des données générées en cytométrie.

Projets

Projet
2025
DECryptage de l’Instruction TIssulaire des cellules dendritiques Plasmacytoïdes dans l’homéostasie et lors d’infections virales (DECITIP)

Project : DECITIP Les cellules dendritiques plasmacytoides (pDCs) excellent dans la production des interférons de type I et III (IFN), […]

Elena TOMASELLO
Pierre MILPIED
Projet
2025
Circulating precursors and niche requirements for LysoDC differentiation (LysoDiff)

Notre santé repose sur un équilibre délicat entre la défense immunitaire contre les agents pathogènes et la tolérance vis à […]

Hugues LELOUARD
Marc BAJENOFF
Projet
2025
The role of the maternal diet in embryonic immune system development

Project : CholControl You are what your mother ate Impact transgénérationnel des régimes maternels via la régulation de l’activité RORγt […]

Serge VAN DE PAVERT
Projet
2025
Lymphoid Tissue inducer cell ontogeny

Lymph nodes are formed in the embryo by Lymphoid Tissue Inducer (LTi) cells. LTi cells arise not from the yolk […]

Serge VAN DE PAVERT
Projet
2025
Innate immune cells in the central nervous system

Innate immune cells are essential partners of the central nervous system, supporting both homeostasis and repair. Within the brain, perivascular […]

Serge VAN DE PAVERT
Projet
2025
Treating Liver Metastases

Projet : TREATLIVMETS Les métastases hépatiques surviennent chez près de 50 % des patients atteints de cancer, en particulier dans […]

Eric VIVIER
Projet
2025
Treating Breast Cancer

Projet : Treating Breast Cancer Le cancer du sein est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les femmes dans […]

Emilie NARNI-MANCINELLI
Projet
2025
Rôle des cellules dendritiques plasmacytoïdes dans le comportement associé à la maladie (CM) induit lors d’infections virales ou d’obésité (pDCComp)

Project : pDCComp Les individus infectés par des virus ou souffrant de maladies inflammatoires développent un ensemble de troubles comportementaux […]

Elena TOMASELLO
Projet
2025
Rôle des interactions avec les cellules dendritiques dans le maintien des fonctions des cellules NK en condition tumorale

Project : PLBIO 2024 Coordinateur: Thierry Walzer, CIRI, Lyon. Autre participant: Nathalie Bendriss-Vermare, CRCL, Lyon. Résumé: Les cellules Natural Killer […]

Marc DALOD
Projet
2025
Déterminer comment les cellules dendritiques promeuvent des réponses antitumorales NK et T CD8 efficaces, dans des modèles murins de cancer du sein, spontanément ou en réponse à l’administration d’adjuvants

Project : ACLAMADABREC En partie via leur efficacité à activer les cellules natural killer (NK) et les lymphocyte T CD8 […]

Marc DALOD
Projet
2025
Décryptage computationnel et modélisation mathématique des réseaux régulateurs contrôlant la biologie des cellules dendritiques plasmacytoïdes

Project : MITI Autres participants: Magali Richard, LIG, Grenoble; Lionel Spinelli, hub CB2M du CIML. Résumé: Ce projet vise à […]

Marc DALOD
Projet
2025
Accélérer notre capacité à comprendre et combattre l’immunopathologie causée par les infections respiratoires dues à des virus émergents : des modèles de souris aux patients en passant par les macaques

Project : UNFIRE Autres participants: Ciphe (Ana Zarubica), Hospices Civils de Lyon et CIRI (Sophie Trouillet-Assant, Thierry Walzer), équipe CoVir […]

Marc DALOD
Marc BAJENOFF
Rejane RUA
Mauro GAYA
Philippe PIERRE
Projet
2025
Contributions des antigènes dérivés du génome non-codant aux réponses immunitaires anti-tumorales.

Project : PLBIO-25 Coordinateur: Marianne BURBAGE, Institut Curie, Paris. Autre participant: Andrew GRIFFITHS, ESPCI, Paris. L’efficacité des lymphocytes T CD8 […]

Nathalie AUPHAN-ANEZIN, PhD, HDR
Projet
2025
Une nouvelle approche de criblage génétique pour identifier des régulateurs de la biologie de différents types de cellules dendritiques humaines

Project : DCFUNDEVSCREEN Résumé: Des études chez la souris ont montré le rôle clé antiviral/tumoral des cellules dendritiques, plasmacytoïdes (pDCs) […]

Marc DALOD
Projet
2025
Rôle des interférons de type I et des cellules dendritiques plasmacytoïdes dans l’immunopathologie pulmonaire causée par des infections virales respiratoires

Project : RIPIREVI Autres participants: CIPHE (Ana Zarubica et collègues). Résumé: Les interférons de type I (IFN-Is) sont essentiels à […]

Marc DALOD
Rejane RUA
Projet
2025
LYMPHOMATLAS: un atlas des lymphomes B à l’échelle de la cellule unique

Project : LYMPHOMATLAS Des études multi-omiques en cellule unique dans les lymphomes B ont permis de mettre en lumière un […]

Sandrine ROULLAND
Pierre MILPIED
Projet
2025
Découverte d’un nouvel axe régulateur induit par le TSLP dans la pathogenèse des maladies inflammatoires de la peau

Project : NRegSkin Porteur: Mei LI (IGBMC, Strasbourg). Autres participants: Katia Boniface, Julien Seneschal (Université de Bordeaux). Résumé: La peau […]

Marc DALOD
Projet
2025
CPC_profile: Caractérisation et Ciblage des Cellules Précurseurs Cancéreuses (CPC) à l’origine des rechutes dans les lymphomes B 

La progression du lymphome folliculaire est marquée par des cycles iteratifs de rémission et de rechute, ces dernières résultant généralement de la […]

Sandrine ROULLAND
Projet
2025
Intracellular Carriers Against Resistant microOrganisms (ICARO)

Project : ICARO Les vaccins acellulaires actuels sont surtout efficaces contre les pathogènes extracellulaires, mais échouent à induire une réponse […]

Hugues LELOUARD
Cyrille MIONNET
Projet
2025
Respective immune inductive functions of epithelial tuft and M cells in relation with the gut-associated lymphoid tissue (PPTuft)

Project : PPTuft Ce projet coordonné par Philippe Jay (IGF, Montpellier) en partenariat avec notre équipe vise à déterminer le […]

Hugues LELOUARD
Projet
2025
Myfunbat

Project : Myfunbat Le projet vise à définir la diversité et les fonctions des macrophages du tissu adipeux brun (BAT), […]

Marc BAJENOFF
Projet
2025
Endopos

Project : Endopos Le projet EndoPos explore le rôle de l’enzyme GDPD2, produite notamment par les fibroblastes de la pulpe […]

Marc BAJENOFF
Projet
2025
T-Mac 

Project : T-MAC Le projet T-MAC vise à comprendre comment les macrophages testiculaires et leurs niches contribuent au maintien de […]

Marc BAJENOFF
Projet
2025
NICHE

Project : NICHE Le projet NICHE explore le concept selon lequel les macrophages (Mac) dépendent de niches locales formées par […]

Marc BAJENOFF
Projet
2025
Path Finder

Project : Path Finder Ce projet vise à caractériser le développement spatio-temporel des cellules dendritiques de type I (cDC1) dans […]

Marc BAJENOFF
Projet
2025
Role of Border-Associated Macrophages in meningioma and stroke

Project : DeCoDis In the context of a European consortium, we are investigating the dynamics and function of border-associated macrophages […]

Rejane RUA
Projet
2025
Investigating the role of endosomal dynamic modulators during immune dysregulation and neurodegenerative pathology – IMPACT Sensors

Project : IMPACT Sensors Other participants : IGBMC, Strasbourg (Nicolas Charlet-Berguerand) and Institut Curie, Paris (Franck Perez). Duration 2025 – […]

Evelina GATTI
Projet
2025
Pathogenic mechanisms of HSPB8 mutations in neuromuscular diseases: the role of the ribosomal and protein quality control system and the integrated stress response.

Partner : University of Milan, Italy ( Prof. Angelo Poletti , DISFEB) Frameshift mutations in HSPB8 cause neuromyopathies by disrupting […]

Evelina GATTI
Projet
2025
MARCH-I dependent ubiquitination in innate and adaptive immunity: from characterization to manipulation.

CNRS – University of Melbourne Graduate Research Projects The project investigates the molecular interplay between the E3-ubiquitin ligase MARCH1 and […]

Evelina GATTI
Projet
2025
MetaNiche (Spatial-SCENITH) Metabolic niches regulate hematopoiesis (MetaNiche, ANR-22-CE15-0015-02).

Bone marrow metabolic niches regulate hematopoiesis (MetaNiche, ANR-22-CE15-0015-02). Duration: 2023–2027 (42 months).Partners & funding amounts: Institut Curie (L. Perié), Institut […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
Biomarkers established to stratify sepsis long-term adverse effects to improve patients’ survivorship (BEATsep)

Full title & acronym: Biomarkers established to stratify sepsis long-term adverse effects to improve patients’ survivorship (BEATsep).Duration: 2024–2029 (60 months).Partners […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
IMAGINe – High Risk High Gain IMAGINe (France)

Targeting intratumor metabolic heterogeneity in neuroblastoma to develop innovative treatments (IMAGINe) Type: National.Duration: 2024–2029 (48 months).Partners & funding amounts: CRCM […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
TALETE (Transcan-3 ERA-NET, Europe)

Targeting acute myeloid leukemia immunosuppressive microenvironment by combined IDO1 inhibition and PD-1 blockade Type: European.Duration: 2023–2027 (36 months).Partners & funding […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
South-ROCK – SIRIC

South-Research On Cancer for Kids. INCA Pediacriex (France) Type: National (integrated cancer site).Full title & acronym: South-Research On Cancer for […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
Régulations neuroimmunes et infection virale

La réponse de l’hôte aux pathogènes est orchestrée par le système immunitaire et le système nerveux, tous deux présents dans […]

Sophie UGOLINI
Projet
2025
Régulation de l’inflammation par la neurokine TAFA4

Nous avons démontré que la neurokine TAFA4, produite par des neurones sensoriels de la peau, peut promouvoir la réparation tissulaire […]

Sophie UGOLINI
Projet
2025
Neurones sensoriels et régulation immunitaire

Au delà des processus de perception de la douleur qui sont induits en cas de lésion ou d’infection de la […]

Sophie UGOLINI
Projet
2025
Epic-SCENITH: regulators of metabolism and epigenetics in glioblastoma-associated myeloid cells

Duration: 2021–2025.Partners & funding amounts: APHM/La Timone (E. Tabouret); amount for team: 325 k€.Responsibilities: PI–coordinator (only beneficiary)Theme & content of […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
INCa PL-Bio CARaïbes

Anti-GD3 CAR-NK cells to overcome therapeutic resistance in glioblastoma (CARaïbes). Type: National.Duration: 2025–2029 (48 months).Partners & funding amounts: INP-APHM (E. […]

Rafael J ARGUELLO
Projet
2025
GCselection : Redéfinir les critères de sélection des lymphocytes B dans les centres germinatifs

Le projet GCselection, coordonné par le Dr Pierre Milpied (CIML), revisite les mécanismes de maturation des anticorps dans les centres […]

Pierre MILPIED
Mauro GAYA