ImagImm – CIML

Membres

Hugues LELOUARD

Directeur(trice) de Recherche

Mathieu FALLET

Ingénieur(e) de Recherche

Marie-Claire BLACHE

Ingénieur(e) d’Etude

À propos

Imaging Immunity

La plateforme ImagImm – Imaging Immunity, dirigée jusqu’en 2025 par Didier Marguet (éméritat), a été créée en 2007 par la fusion des plateformes de microscopie du CIML et d’IM2V (Interactions Moléculaires en Milieu Vivant).
Elle met à disposition de ses utilisateurs des ressources de microscopie optique de pointe, permettant de décrypter les mécanismes du système immunitaire, de l’échelle moléculaire jusqu’aux organismes entiers.
Dirigée scientifiquement par Hugues Lelouard, la plateforme s’appuie sur les compétences de trois ingénieurs : Mathieu Fallet (responsable technique), Marie-Claire Blache (analyse d’images) et Carole Siret (microscope à feuille de lumière).

Missions
La plateforme ImagImm a pour objectifs de :

Maintenir et faire évoluer un parc de microscopes à l’état de l’art
Assurer la maintenance et le suivi qualité des instruments en lien avec le SAV des constructeurs
Former les utilisateurs grâce à des enseignements théoriques et pratiques
Fournir une assistance scientifique et technique pour l’acquisition et l’analyse d’images
Développer des activités de recherche et développement en biophotonique adaptées aux applications biologiques du CIML

Reconnue au niveau national, ImagImm est labellisée Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie (IBISA) et est partenaire du réseau France-BioImaging. La plateforme est également membre du consortium PICsL (Plateforme d’Imagerie Commune du Site de Luminy), créé en 2002 par le CIML et l’IBDML (Institut de Biologie du Développement de Marseille-Luminy) aujourd’hui élargi aux plateformes d’imagerie de l’INMED (L’Institut de Neurobiologie de la Méditerranée) et de l’IMM (L’Institut de Microbiologie de la Méditerranée). Enfin, ImagImm collabore étroitement avec la plateforme de multi-ingénieries de Centuri en s’appuyant sur son expertise en mécatronique et en analyse d’images.

Formation

La plateforme Imagimm assure des formations à la microscopie et à l’analyse d’images, aussi bien au sein du CIML qu’en dehors :

Cours et travaux pratiques intégrés au Master d’Immunologie (Faculté des Sciences de Luminy) et à l’école d’ingénieurs Polytech ;
Contribution à l’école doctorale à travers un module dédié à l’analyse d’images ;
Participation régulière aux ateliers de l’école thématique de microscopie du CNRS MifoBio
Organisation d’une formation INSERM sur l’imagerie confocale spectrale ;
Actions de diffusion scientifique auprès du grand public : participation à la Fête de la Science, accueil de collégiens pour leur stage de 3ᵉ.

Open Science

Dans un souci de transparence, d’accessibilité et de reproductibilité des analyses (principe FAIR), ImagImm met à disposition les codes d’analyse qu’elle a développés. Vous pouvez trouver ci-dessous les logiciels développés au CIML et à travers nos collaborations avec l’institut Fresnel :

QCM: real-time quantitative quality control of single-molecule localization microscopy data
Mailfert S, Biophysical Journal, Vol 124, Issue 7, April 2025

A Shiny application to analyze tissue section images (Saphir)
Germani E, F1000R, 2021/4/8

UNsupervised particle LOCalization (UNLOC)
Mailfert, Biophys J, 2018, DOI:10.1016/j.bpj.2018.06.02

Methods for Automated and Accurate Analysis of Cell Signals (MAAACS)
Salles A, Billaudeau C, et al, PLoS Comput Biol, 2013

Multiple Target Tracing (MTT)
Serge, A. et al., Nat Methods, 2008, 687-94, 5

Analyse d’images

Imagimm met à disposition de ses utilisateurs deux stations d’analyse d’images équipées des logiciels ImageJ, QuPath, Matlab et Imaris.
Elle développe en étroite collaboration avec les chercheurs des programmes d’analyse en R et Python, ainsi que des scripts Groovy pour QuPath et des macros pour ImageJ.
Ces outils permettent de répondre à un large éventail d’applications pour la quantification d’images 2D ou 3D, statiques ou dynamiques, sur des cellules en culture, des coupes de tissus ou des organes (ganglions, plaques de Peyer, rate) et organismes entiers (embryons de souris, ver C. elegans).
Actuellement, la plateforme mène des travaux sur la segmentation et l’analyse des interactions cellulaires en 3D, en collaboration étroite avec Thomas Boudier (Centrale Méditerranée).

Imagimm-CIML · GitHub

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Projets

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