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Thème

À propos

Je suis ingénieur de recherche hors-classe à Aix-Marseille Université et co-responsable du CB2M.

Carrière

J’ai d’abord suivi des études universitaires en mathématiques pures avant de me tourner vers la physique théorique, où j’ai obtenu un doctorat en 1999. Cette solide base en raisonnement abstrait et en analyse quantitative a été un atout constant tout au long de ma carrière.

Après avoir obtenu mon doctorat, j’ai passé neuf ans à travailler dans le développement de logiciels professionnels, en me concentrant principalement sur la conception et le développement d’algorithmes. Ce travail m’a permis d’affiner mon expertise technique tout en cultivant ma créativité et mon esprit d’innovation. L’un des algorithmes que j’ai développés a donné lieu à l’octroi d’un brevet international, et plusieurs projets qui exigeaient une forte différenciation par rapport à la concurrence ont bénéficié de ma soif de nouveauté, d’optimisation et de résolution de problèmes, donnant des résultats très appréciés tant par les clients que par mes collègues.

Fort de cette expérience, j’ai choisi de revenir à ma passion initiale : la recherche scientifique. Ma curiosité et ma soif de découverte, en particulier dans des contextes multidisciplinaires, sont restées une source constante de motivation et m’ont amené à me concentrer sur la bioinformatique. Ce domaine, caractérisé par une évolution rapide et une intégration croissante avec des disciplines telles que la physique théorique et les mathématiques, correspond parfaitement à mes intérêts.

En 2014, j’ai été nommé ingénieur de recherche permanent à Aix-Marseille Université (AMU). De 2014 à 2024, j’ai travaillé conjointement dans deux laboratoires : le TAGC (Théories et Approches de la Complexité Génomique), un laboratoire spécialisé en biologie des systèmes, et le CIML (Centre d’Immunologie de Marseille-Luminy), dédié à la recherche en immunologie. Le fait de partager mon temps de manière égale entre ces deux environnements m’a permis de développer une expertise à l’interface de la biologie des systèmes et de l’immunologie, avec un accent particulier sur l’analyse des données biologiques, la modélisation et les méthodes computationnelles.

Depuis 2024, je me consacre entièrement au CIML. Je dirige actuellement, avec mon collègue Sébastien Jaeger, le développement du CB2M, le hub de biologie computationnelle du CIML.

Missions transverses internes

Au sein du CIML, je participe à plusieurs responsabilités et missions:

  • Au conseil de labratoire, je suis représentant des personnels IT statutaires.
  • Je suis membre de la cellule Carrière IT.
  • Je mène le groupe de travail sur l’autorat des membres de plateforme.
  • Je participe activement aux actions de formations internes destinées aux étudiants et ingénieurs.

Missions externes institutionnelles

Je suis membre de la cellule Parité Egalité Professionnelle, une cellule créée sous l’impulsion des tutelles pour aider à améliorer l’égalité Femmes/Hommes au sein du CIML.

Publications

2025
Bavais J, Chevallier J, Spinelli L, van de Pavert SA, Puthier D, SciGeneX: enhancing transcriptional analysis through gene module detection in single-cell and spatial transcriptomics data., NAR Genom Bioinform 2025 Jun; 7(2): lqaf043.
2024
Mathilde Slivak, Sébastien A Choteau, Philippe Pierre, Lionel Spinelli, Andreas Zanzoni, Christine ..., InteractORF, predictions of human sORF functions from an interactome study, 2024.
2024
Mathilde Slivak, Sebastien Choteau, Philippe Pierre, Lionel Spinelli, Andreas Zanzoni, C. Brun, InteractORF, predictions of human sORF functions from an interactome study, <i>JOBIM 2024</i>, SFBI, Jun 2024, Toulouse, France.
2023
Sabrina Baaklini, Alexandre Sarrabay, Camille Barthelemy, Laila Dahbi, Laurine Gil, Noushin Mossadeg..., A Single Cell Atlas of Diffuse Large B Cell Lymphomas Reveals Distinct Cellular States Predictive of Outcomes., <i>65th American Society of Hematology (ASH) Annual Meeting and Exposition</i>, Dec 2023, San diego, CA, United States. pp.848 - 848, <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1182/blood-2023-173929">⟨10.1182/blood-2023-173929⟩</a>.
2023
Arroyo Portilla C, Fenouil R, Wagner C, Luciani C, Lagier M, Da Silva C, Hidalgo-Villeda F, Spinelli..., Peyer’s patch phagocytes acquire specific transcriptional programs that influence their maturation and activation profiles., Mucosal Immunol 2023 Aug; 16(4): 527-547.
2022
Sébastien A Choteau, Marceau Cristianini, Kevin Maldonado, Lilian Drets, Mégane Boujeant, Christin..., mimicINT: a workflow for microbe-host protein interaction inference, 2023.
2022
Pauline Brochet, Barbara Ianni, João P S Nunes, Amanda F Frade, Priscila C Teixeira, Charles Mady, ..., Blood DNA methylation marks discriminate Chagas cardiomyopathy disease clinical forms, <i>Frontiers in Immunology</i>, 2022, 13, <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2022.1020572">⟨10.3389/fimmu.2022.1020572⟩</a>.
2022
Gregoire C, Spinelli L, Villazala-Merino S, Gil L, Holgado MP, Moussa M, Dong C, Zarubica A, Fallet ..., Viral infection engenders bona fide and bystander subsets of lung-resident memory B cells through a permissive mechanism., Immunity 2022 Jul; 55(7): 1216-1233.e9.
2022
Julie Rebejac, Elisa Eme-Scolan, Laurie Arnaud Paroutaud, Sarah Kharbouche, Matei Teleman, Lionel Sp..., Meningeal macrophages protect against viral neuroinfection, <i>Immunity</i>, 2022, 55 (11), pp.2103-2117.e10. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1016/j.immuni.2022.10.005">⟨10.1016/j.immuni.2022.10.005⟩</a>.
2022
Saswati Saha, Lionel Spinelli, Jaime Castro Mondragon, Anaïs Kervadec, Michaela Lynott, Laurent Kre..., Genetic architecture of natural variation of cardiac performance from flies to humans, <i>eLife</i>, 2022, 11, pp.e82459. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.7554/eLife.82459">⟨10.7554/eLife.82459⟩</a>.
2020
Wagner C, Bonnardel J, Da Silva C, Spinelli L, Portilla CA, Tomas J, Lagier M, Chasson L, Masse M, D..., Differentiation Paths of Peyer’s Patch LysoDCs Are Linked to Sampling Site Positioning, Migration, and T Cell Priming., Cell Rep 2020 Apr; 31(1): 107479.
2018
Crinier A, Milpied P, Escalière B, Piperoglou C, Galluso J, Balsamo A, Spinelli L, Cervera-Marzal I..., High-Dimensional Single-Cell Analysis Identifies Organ-Specific Signatures and Conserved NK Cell Subsets in Humans and Mice., Immunity 2018 Nov; 49(5): 971-986.e5.
2018
Milpied P, Cervera-Marzal I, Mollichella ML, Tesson B, Brisou G, Traverse-Glehen A, Salles G, Spinel..., Human germinal center transcriptional programs are de-synchronized in B cell lymphoma., Nat Immunol 2018 Sep; 19(9): 1013-1024.
2017
Dalet A, Argüello RJ, Combes A, Spinelli L, Jaeger S, Fallet M, Vu Manh TP, Mendes A, Perego J, Rev..., Protein synthesis inhibition and GADD34 control IFN-β heterogeneous expression in response to dsRNA., EMBO J 2017 Mar; 36(6): 761-782.
2017
Perego J, Bourbon C, Chasson L, Laprie C, Spinelli L, Camosseto V, Gatti E, Pierre P, Guanabenz Prevents d-Galactosamine/Lipopolysaccharide-Induced Liver Damage and Mortality., Front Immunol 2017 ; 8(): 679.
2016
Romain Fenouil, Nicolas Descostes, Lionel Spinelli, Frederic Koch, Muhammad Ahmad Maqbool, Touati Be..., Pasha: a versatile R package for piling chromatin HTS data, <i>Bioinformatics</i>, 2016, 32 (16), pp.2528 - 2530. <a target="_blank" href="https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw206">⟨10.1093/bioinformatics/btw206⟩</a>.
2015
Spinelli L, Carpentier S, Montañana Sanchis F, Dalod M, Vu Manh TP, BubbleGUM: automatic extraction of phenotype molecular signatures and comprehensive visualization of multiple Gene Set Enrichment Analyses., BMC Genomics 2015 Oct; 16(): 814.
2014
Ilaria Nardecchia, Lionel Spinelli, Jordane Preto, Matteo Gori, Elena Floriani, Sebastien Jaeger, Pi..., Experimental detection of long-distance interactions between biomolecules through their diffusion behavior: Numerical study, 2025.